A proteômica a partir de células únicas por espectrometria de massa tem o potencial de transformar a pesquisa biomédica e é essencial para complementar abordagens transcriptômicas e genômicas específicas. Recentes avanços em metodologias baseadas em espectrometria de massa (MS) permitiram quantificar proteomas de célula única multiplexados e dar origem à análise da heterogeneidade celular.

No entanto, a preparação das amostras para proteômica a partir de células únicas ainda carece de eficiência. Sendo assim, o IMP, Research Institute of Molecular Pathology de Viena, colaborou com a Cellenion para estabelecer um fluxo de trabalho de preparação automatizada de amostras label-free e multiplexadas. Os resultados foram publicados como pre-print em: An automated workflow for label-free and multiplexed single cell proteomics sample preparation at unprecedented sensitivity (biorxiv.org).

Esse fluxo de trabalho inovador inclui o proteoCHIP 12*16 (Figura 1, à esquerda, abaixo) que permite o processamento simultâneo de até 192 células individuais por chip, em conjunto com a automatização através da plataforma de isolamento de célula única e de dispensação em picolitros, cellenONE® (Figura 1, à direita). Com este fluxo de trabalho, uma redução acentuada dos volumes finais da amostra e um aumento de eficiência podem ser alcançados, resultando em uma análise em grande escala de até 1000 células únicas e a identificação de mais de >1500 proteínas/célula por corrida.

Figura 1. Ilustração do proteoCHIP 12*16 e da plataforma de dispensação e isolamento de célula única cellenONE. O proteoCHIP 12*16 tem um formato de lâmina de microscópio padrão e contém 12 conjuntos de amostras multiplexadas de 16 nanopoços para processamento simultâneo, livre de contaminação cruzada, de até 192 células únicas por chip. Para o agrupamento das amostras e a injeção direta no coletor automático, é utilizado o proteofunil (lado esquerdo). O cellenONE é uma plataforma de isolamento de célula única baseado em imagem e dispensação em nanolitros que permite a miniaturização de fluxos de trabalho de ensaiois ômicos a partir de células únicas (Figura 2)

Todo o fluxo de trabalho de preparação de amostra (Figura 2) é realizado dentro do cellenONE® começando com a dispensação de um master mix para lise e digestão enzimática no proteoCHIP 12*16, seguida do isolamento de células únicas baseado em imagem, diretamente no master mix. Posteriormente, os mixes de TMT são adicionados aos respectivos poços e inibidos antes de cobrir o chip com a parte do funil. As amostras são colocadas em uma centrífuga e diretamente injetadas por meio de um coletor automático padrão para obter recuperação máxima do grupo de proteínas para análise.

Figura 2. Ilustração do fluxo de trabalho de marcação com TMT baseada em proteoCHIP 12*16. (a) Até dezesseis nanopoços/células únicas por conjunto de TMT são preparados dentro do cellenONE (b) são automaticamente combinados por meio de centrifugação e (c) têm interface direta com um coletor automático padrão para recuperação com perdas reduzidas. Figura retirada de: Hartlmayr, David, et al. “An automated workflow for label-free and multiplexed single cell proteomics sample preparation at unprecedented sensitivity.” bioRxiv (2021).

A Cellenion opera em Lyon, França e é uma subsidiária da Scienion GmbH e seus produtos são vendidos pela Scienion em todo o mundo.

Maiores informações:
[email protected] com Dra. Thabata Caruzo, Gerente de Vendas – LATAM

Tags:

Cellenion, proteômica a partir de células únicas por espectrometria de massa

Compartilhe: