Vírus encontrado apresenta uma mistura do genoma de duas linhagens da variante Ômicron: BA.1 e BA.2. Em maio, representou 7% dos 109 casos analisados no estado

Casos da recombinante XQ já foram detectados mundialmente, em especial no Reino Unido, com depósito de genomas no banco de dados Gisaid. As sequências genéticas das amostras decodificadas no RS também já estão disponíveis plataforma

Um intensivo trabalho de vigilância genômica detectou 25 casos da cepa recombinante XQ no Rio Grande do Sul entre os meses de março e maio. O vírus apresenta uma mistura do genoma de duas linhagens da variante Ômicron: BA.1 e BA.2. A cepa XQ já tinha sido detectada em casos isolados em Santa Catarina, São Paulo e Minas Gerais. Porém, os dados de sequenciamento indicam que o Rio Grande do Sul é o primeiro estado onde há um cluster de transmissão local do vírus.

Os primeiros casos foram identificados em sequenciamento genético realizado pelo Centro Estadual de Vigilância em Saúde da Secretaria Estadual de Saúde do Rio Grande do Sul (Cevs/SES-RS), com publicação no boletim genômico estadual do dia 24 de maio. Os demais sequenciamentos foram conduzidos pela Fiocruz em parceria com o Laboratório Central de Saúde Pública do Rio Grande do Sul (Lacen-RS). A Universidade Feevale, que integra a Rede Corona-Ômica BR-MCTI, ligada ao Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovações, também contribuiu com genomas gerados no estado do RS. O trabalho teve a colaboração da Unidade de Apoio ao Diagnóstico da Covid-19 do Rio de Janeiro (Unadig-RJ), operada pela Fiocruz.

Os casos foram identificados através da análise de amostras referentes aos meses de março a maio, com crescimento gradual: em março, foram detectados dois casos, representando 0,3% dos 324 genomas sequenciados; em abril, oito casos, correspondendo a 8% dos 98 sequenciamentos; e em maio, 15 detecções, o que representou 7% dos 109 casos analisados.

“A identificação ocorreu em diferentes municípios gaúchos, o que sugere uma transmissão local da recombinante XQ no estado”, afirma a pesquisadora do Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo do Instituto Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz), Paola Resende.

Referência em vírus respiratórios junto ao Ministério da Saúde e em Covid-19 nas Américas junto à Organização Mundial da Saúde (OMS), o Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo do IOC integra a Rede Genômica Fiocruz e liderou o esforço de vigilância genômica no Rio Grande do Sul em parceria com o Lacen-RS. Os achados foram imediatamente informados ao Ministério da Saúde e à Secretaria estadual de Saúde do RS.

Casos da recombinante XQ já foram detectados mundialmente, em especial no Reino Unido, com depósito de genomas no banco de dados Gisaid. As sequências genéticas das amostras decodificadas no RS também já estão disponíveis plataforma. De acordo com Paola, até o momento, não há indicação de que o vírus esteja associado a maior gravidade de casos uma vez que a população apresenta boas taxas de vacinação e muitos já foram expostos a infecções prévias. No entanto, permanece necessário monitorar sua evolução.

“Ainda temos poucos dados genômicos disponíveis de abril e maio. O genoma da cepa XQ apresenta um trecho do código genético da linhagem BA.1 da variante Ômicron e um trecho da linhagem BA.2. São duas linhagens de uma mesma variante de preocupação, por isso, precisamos monitorar o que vai acontecer”, ressalta a virologista.

Detectada no Brasil a partir de novembro de 2021, a Ômicron atualmente responde por quase 100% dos casos no país, com predomínio das linhagens BA.1 e BA.2 e suas sublinhagens. Confira o painel sobre os genomas do SARS-CoV-2 no Brasil produzido pela Rede Genômica Fiocruz.

Investigação em tempo real

A ação intensificada de vigilância genômica no Rio Grande do Sul começou em fevereiro, quando o Lacen-RS detectou um caso de outra cepa recombinante: a XS, que apresenta uma combinação dos genomas das variantes de preocupação Delta e Ômicron. O objetivo era investigar a possível disseminação da recombinante XS, mas o monitoramento acabou identificando a transmissão da XQ.

Entre fevereiro e maio, 824 genomas do coronavírus referentes a casos registrados no RS foram sequenciados. As análises detectaram 25 casos associados à cepa recombinante XQ e apenas um ligado à cepa recombinante XS. Além disso, os pesquisadores observaram a substituição gradual da linhagem BA.1 (ou sublinhagens da BA.1) pela linhagem BA.2 da variante Ômicron – um movimento que também tem sido percebido internacionalmente e em outros estados brasileiros. Em fevereiro, 97,3% dos casos no RS foram atribuídos à BA.1, contra 2,4% da BA.2. Já em maio, a BA.1 respondeu por 13,8% das infecções, ante 72,5% da BA.2.

Segundo Paola, casos de recombinação genética do coronavírus têm sido identificados com mais frequência desde janeiro deste ano, quando a circulação simultânea de duas variantes do SARS-CoV-2, Delta e Ômicron, foi registrada em diversos países. Na ocasião, foi considerada a possibilidade de surgimento de uma linhagem recombinante, que foi popularmente chamada de “Deltacron”. Porém, o monitoramento genético global mostrou a existência de múltiplas combinações genéticas entre variantes e linhagens do patógeno, que passaram a ser nomeadas com a letra X.

“O coronavírus tem trazido surpresas a cada momento. A recombinação pode ocorrer quando uma pessoa é infectada simultaneamente por duas linhagens. Nessa situação, durante o processo replicativo do vírus pode acontecer a montagem de um genoma com pedaços do código genético de diferentes linhagens. Essa recombinação pode resultar em cepas com potencial de disseminação maior, menor ou igual às linhagens originais”, diz a cientista.

Além das cepas XQ e XS, casos pontuais das cepas recombinantes XF, XE e XG já foram registrados no Brasil. Considerando os achados da cepa XQ no Rio Grande do Sul, os pesquisadores devem manter a vigilância reforçada no estado e investigar, de forma aprofundada, as características do vírus. “Nesse momento, ainda não conseguimos dizer se a XQ foi introduzida de outro país ou foi originada a partir de uma recombinação local. Precisamos ampliar as análises para investigar essa questão”, pontua Paola.

Linhagens sob monitoramento

Além da recombinação, a circulação de diferentes linhagens da variante Ômicron é motivo de alerta. Também em maio, os pesquisadores do Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo do IOC identificaram, no Rio de Janeiro, três cepas classificadas pela OMS como linhagens sob monitoramento da variante de preocupação (sinalizadas pela sigla em inglês VOC-LUM). São elas: BA.4, BA.5 e BA.1.12.1. Segundo a OMS, essas linhagens exigem atenção e monitoramento prioritários, com foco em investigar se podem representar uma ameaça adicional à saúde pública global em comparação com outros vírus circulantes.

A partir dos achados, o trabalho de vigilância genômica no estado foi intensificado, com o sequenciamento de mais amostras referentes a casos positivos para o SARS-CoV-2. “Nesse momento, temos a detecção pontual dessas linhagens e precisamos ampliar as análises para avaliar se há transmissão”, afirma Paola, ressaltando a importância da manutenção da vigilância genômica constante do coronavírus.

“A vigilância genômica não pode decair. Precisa ser mantida em todo o território nacional, de forma contínua ao longo do tempo e, tanto quanto possível, em tempo real. Para isso, não é necessário sequenciar o genoma de todos os casos. O que precisamos é ter uma amostragem sistemática em unidades sentinelas para acompanhar o que está acontecendo, em tempo oportuno para possíveis medidas de contenção”, esclarece a pesquisadora. Com informações da Fiocruz

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cepa recombinante XQ, sequenciamento, vigilância genômica

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